Existen dos enfermedades autoinmunes que afectan al hígado:
La cirrosis biliar primaria es una enfermedad inflamatoria de las vías biliares intrahepáticas, que puede presentar una cirrosis en los casos más avanzados. Se diagnostica con mayor frecuencia en mujeres mayores de 40 años.

La hepatitis autoinmune es una enfermedad inflamatoria del hígado que se caracteriza por un aumento de determinados marcadores sanguíneos específicos y por la presencia de autoanticuerpos. Puede aparecer a cualquier edad y afecta principalmente a las mujeres.